Meine spontane Vermutung(ohne das Projekt gesehen zu haben):
Du benutzt Project Templates, wo bereits ein Audioschnipsel drin ist.
Wenn Du nun versuchst „da drüber“ aufzunehmen, erstellt Reaper sogenannte Takes". Also verschiedene, gleichzeitig gepackte Aufnahmen, wo Du die eine oder die andere auswählen kannst per Anklicken, was nur für Musik oder Hörspiele relevant ist.
Wenn Du also Templates/bereits benutzte Projekte wieder benutzt, zoom da mal rein, ob Du Audios findest. Diese dann löschen und das Template neu speichern.
Wenn nicht, müssen wir schauen.
Ich schau mir auch mal Dein Projekt genauer an, vielleicht gibt das Hinweise.