Obwohl ich ein neues Template erstellt habe und auch ein neues Projekt, sagt mir Ultraschall beim Öffnen der neu erstellten Datei immer, dass es fehlende Dateien gibt. Hierbei handelt es sich um eine .flac Datei aus einem anderen Projekt, die doch mit einem neu erstellten Projekt eigentlich nichts zu tun haben sollte!?
Das Problem habe ich auch seit langem.
Ich war schon dabei der Sache auf den Grund zu gehen und war dann der Meinung eben selbe Fehlermeldung bei Ralf in einem der neuen Screencasts gesehen zu haben.
Daraufhin habe ich die Ermittlungen erstmal eingestellt 
Grundsätzlich klicke ich den Dialog mit “Ignore all missing files” weg und es öffnet sich trotzdem jede Spur des gewünschten Projekts. Etwas ärgerlich aber kein wirkliches Problem im Workflow.
Dein Fehler ist vermutlich dass du das Template nicht aus einem nackten Projekt erstellt hast sondern aus einem bestehenden. Reaper sucht dann immer nach allen Dateien.
Ich habe hier mal die Lösung dieses Problems in eine FAQ überführt:
So kannst du auch bestehende templates „bereinigen“