Also zu 2) habe ich eine recht konkrete Vorstellung: hier ist vermutlich der “Multitake” Modus von Reaper angesprungen. Der ist folgender weise Gedacht: Man loopt in einem Musikstück immer ein paar Takte, und und spielt mehrmals hintereinander dasselbe Gitarrensolo drüber. Diese Takes über demselben Stück kann man dann in Ruhe durchhören und sich den besten raussuchen.
Um diese Produktionstechnik zu unterstützen werden in Reaper die einzelnen Takes jeweils untereinander als neue Spuren angelegt. Was also vermutlich passiert ist: Du hast nach der eigentlichen Aufnahme irgendwann gestoppt, warst mit dem Play/Record Cursor innerhalb des Projektes und hast dann nochmal - vielleicht nur für wenige Sekunden - eine Aufnahme gestartet wodurch zweite Take-Spuren entstanden sind, die größtenteils leer sind.
Im Prinzip ist das ein sehr erwünschtes Verhalten, da die Alternative - alte Daten werden durch neue überschrieben - ein no-go ist.
Zudem lässt sich das jetzt sehr einfach reparieren, hier mal ein Video dazu:
am Ende hast du dann separate Spuren bei denen du schauen kannst, wo welche Information steht, du die einzeln löschen kannst etc.