Skype hat seine Audioausgabe zu Pulseaudio. Pulseaudio kannst du die physische Soundkarte entreißen, sie an JACK geben und Pulseaudio eine SInk/Source zu JACK unterschieben. Fortan laufen die Audiosignale so:
Skype <-> Pulseaudio <-> JACK <-> Programme / Audiohardware
Beispielscripts mit denen ich das mache (Starten):
#!/bin/bash
echo "Remove Soundcard from Pulseaudio"
pacmd suspend true
sleep 1s
# Start Jack Server
echo "Start JACK"
jackd -d alsa -Phw:0,0 -Chw:0,0 -p 1024 --hwmon --hwmeter --rate 48000 &
sleep 5s
echo "Link JACK to Pulseaudio"
pactl load-module module-jack-sink channels=2
pactl load-module module-jack-source channels=2
pacmd set-default-sink jack_out
pacmd set-default-source jack_in
Und hinterher die Soundkarte wieder zurückgeben, nachdem JACK beendet wurde:
#!/bin/bash
echo "Stop JACK"
killall jackd
sleep 1s
echo "Add Soundcard to Pulseaudio"
pacmd suspend false
Ich hoffe das konnte helfen. 