Eine Virtualisierung innerhalb von Yosemite macht das alles nicht schneller (nur verdammt viel langsamer, weil du dann weniger RAM hast), außerdem kann es gut sein, dass du dir damit USB-Audio-Probleme einfängst, von denen man sonst (selbst unter OS X) nur träumen kann. 
Was du machen könntest: El Capitan auf eine externe Festplatte oder zweite Partition installieren und dann vom Mac Mini da reinzubooten, wenn du mit Ultraschall arbeiten willst. Dann kannst du für alles andere weiterhin Yosemite nutzen, hast aber die volle Performance bei der Aufnahme.
PS: Welches MBP-Modell hast du denn? Hast du mal einen Clean Install versucht?
