Das ist in der Tat ein reproduzierbarer Bug, den wir zur nächsten Release beheben werden.
Wir definieren zur Release genau eine REAPER Version als unsere LTS - das mag man doof finden, ist aber aus Erfahrung gewonnener Selbstschutz und wird sich nicht ändern.

Zum konkreten Problem: es wäre hilfreich mal in eines der original scheinbar defekten FLACs reinschauen zu können. Ich würde ein Upload-Problem zu Auphonic vermuten und einen mittelhohen Betrag wetten, dass das FLAC selber intakt ist.

Wenn dem nicht so wäre, müsste @auphonic doch auch etliche andere fehlerhafte FLACs dieser Art in letzter Zeit bekommen haben?