Wenn dein Homeordner root statt dir gehörte (wie auch immer du das hinbekommen hast) könnte noch weiteres im Argen sein, da würde ich repairHomePermissions durchaus mal durchlaufen lassen.
Hier noch eine Sidekick-Info für Menschen, die in diesem Kontext ggf. auch überlegen, ob sie ihre Nutzerrechte reparieren möchten: repairHomePermissions scheint wohl erst mit den jüngeren OS X-Versionen implementiert worden zu sein. Bei mir unter OS X 10.11 hat das Terminal den Befehl nicht erkannt.
Hier ein Weg zur Reparatur der Home Folder Permissions aus dem Jahr 2014, der auf jeden Fall unter OS X 10.11 und wohl auch unter OS X 10.12 funktioniert: