Doch das geht. In den Einstellungen, Spurverhalten das Feld bei Schnittstellenlinien anzeigen aktivieren. Beim Schneiden darauf achten den markierten Bereich nicht mit entfernen, sondern mit ausschneiden (Ctrl + X), löschen. An der Schnittstelle entsteht eine rote Linie. Durch anklicken dieser, öffnet sich der Bereich welcher ausgeschnitten wurde. Das funktioniert sogar mit verschachtelten Schnitten. Nach dem Speichern als Projekt (aup3) sind die Schnittmarken auch bei erneutem öffnen des Projektes wieder vorhanden.

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