Ich hatte die Woche dasselbe Problem. Das Grundproblem war: GarageBand und Reaper gleichzeitig laufend :-/
GarageBand kann nur 44.1 wie es scheint und stellt dann immer die Samplerate der Devices um, das bringt wiederum Reaper komplett aus dem Takt. Sobald man GarageBand schließt und Reaper neu startet ist zwar der Sample immer noch 44.1 aber Reaper hat kein Problem damit das in Echtzeit umzurechnen.