Ich habe Pocket Casts diesbezüglich schon mehrfach kontaktiert/genervt. Das ist kein Bug. Kapitelmarken in .m4a/AAC Files werden nur auf iOS unterstützt.
Weil das ein proprietäres, geschlossenes Apple-Format sei, könne man das nicht auf Android-Geräten anbieten.
Meines Wissens gibt es Android-Apps, die das können. Insofern kann das nicht unmöglich sein.
Vorerst hilft wohl nur, von allen Seiten Feature-Requests zu platzieren.