Bis sich in der Software ggf. etwas ändert, habe ich hier 2 halb-händische Lösungen für dich:

ChatGPT:

Prompt
Entferne hier die Milisekunden bei den Kapitelmarken-Zeitcodes:
00:00:00.000 Intro & Teaser
00:01:15.141 Kündigungen OpenAI
00:02:45.222 OpenAI OMNI

Antwort
00:00:00 Intro & Teaser
00:01:15 Kündigungen OpenAI
00:02:45 OpenAI OMNI

Oder viel besser, weil ohne KI und Cloud-Kram:

Du kannst in guten Text-Editoren mit regulären Ausdrücken arbeiten.
In VS-Code (ist kostenlos) kannst du dann mit Suchen+Ersetzen die MS entfernen:

  1. STRG+H drücken (öffnen suchen und ersetzen)
  2. Ggf. Reguläre ausdrücke einschalten (ALT+R)
  3. Suche nach

(\d{2}:\d{2}:\d{2}).\d{3}

  1. Ersetze durch

$1

Das findet und kürzt alle Zeitformate mit einem Klicken und geht in VS-Code auch mit allen Dateien in einem Ordner in einem Rutsch (Menü Edit > Replace in Files…)

Vielleicht hilft dir das ja schon.

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