Kannst Du mal ein Screenshot posten von so einer Stelle, wo Du In/Out gesetzt hast, bevor Du Ctrl+X benutzt hast?
Sind da Schnitte drin in dem Bereich? Wenn ja, werden die mit übernommen.
Sprich, wenn Du die mit Ctrl+V wieder einfügst, sind die Schnitte an den exakt gleichen Stellen.

Das ist prinzipbedingt in Reaper normal und lässt sich nur mäßig umgehen.

Du kannst das aber umgehen, indem Du die Schnipsel, bevor Du Ctrl+X benutzt, glue-st, also klebst.
Du wählst die Stellen aus, die als Einheit sein sollen und wählst im rechtsklick-Menu Glue Items aus(oder so ähnlich. Es heißt auf jeden Fall etwas mit Glue).
Danach machst Du Ctrl+X und Du hast nur ein Clip.

Aber wie gesagt, direkt nach Ctrl+X sind alle geschnittenen Schnipsel im Clipboard. Du kannst sie also direkt an der richtigen Stelle wieder einfügen mit Ctrl+V.